有機質含量是判斷土壤肥力的重要標志，土壤有機質和全氮與果實含糖量正相關，全磷和全鉀與糖酸比呈正相關。而果園施用有機肥可提高土壤有機質含量。因此，選擇適合的有機肥是保證果樹生長良好和提高果實品質的重要條件。
1.施用傳統有機肥
施用傳統有機肥由來已久，到目前為止仍是多數果園秋季冬季施用基肥的主要做法，生產中常用的是堆漚肥、雞糞、牛糞、豬糞、羊糞等畜禽糞便和人糞尿等。
其中，羊糞是天然綠色的肥料，含有機質4%～27%，比其他畜糞多，氮、磷、鉀營養豐富，糞質較細，肥分濃厚，屬熱性肥料。雞糞中含有豐富的營養成分，尤其雞糞中的粗蛋白比較多，有機質含量達到25.5%，通過適當的加工利用就可以成為較好的綠色有機肥。豬糞含有有機質15%，總養分含量不高，碳氮比較小(14∶1)，較容易被微生物分解，釋放出可被作物吸收利用的養分。牛糞有機質含量14.5%，風干樣品中含粗纖維43.6%，含氮、磷、鉀三元素接近1%。
由于傳統有機肥的每畝用量較大，施用時需要深挖深埋，勞動強度大，嚴重影響了果農秋施基肥、補充土壤有機質的積極性。加上目前果園生產人員日趨老齡化，施用傳統有機肥受到了很大挑戰，影響了果園可持續生產。
2.施用商品有機肥
利用畜禽糞便、動植物殘體等富含有機質的副產品資源為主要原料，經腐熟發酵后制成的肥料稱為商品有機肥，它不包括綠肥、農家肥和農民自己積造的有機糞肥。
在養殖業大發展的今天，為了環境衛生，養殖場通常在處理畜禽糞便時添加較多的石灰、黏土等物料，這變相降低了作為商品有機肥原料的畜禽糞便的營養含量。因此，為了達到農業部的部頒標準，商品有機肥生產過程中要么添加作物秸稈共同發酵，要么直接添加一定比例的腐植酸原料，這樣就相應提高了生產成本。
有機無機復混肥雖然生產容易，但由于其有機質含量相對不高，如果作為果樹基肥施用，在實際生產中必須加大用量，存在較大的浪費，甚至可能造成燒苗等負面效果，施用成本也大大提高。
3.施用生物有機肥
生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。由于其中添加了枯草芽孢桿菌、解淀粉菌芽孢桿菌等有益菌種，可分解利用土壤中的植物殘體，故通俗的又稱為“菌肥”。
生物有機肥營養元素齊全，能夠改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力。其中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成共生增殖關系，既抑制有害菌生長，又在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物，促使有機物分解轉化，直接或間接為作物提供多種營養和刺激性物質，促進和調控作物生長。連年施用可大大緩解連作障礙，減少環境污染，屬環保型肥料。
生產中，有機質含量在50%以上的生物菌肥一般推薦每畝施120～150千克作為基肥或追肥使用，可減少勞動力投入。
4.策略與建議
為了改良土壤理化性狀，提高果品質量，生產優質果品，節約勞動力，實現施肥省力化、省工化，建議在果園生產中，采用有機質含量40%以上的高濃度生物有機肥作為秋冬基肥施用，結合連年間作翻壓綠肥，果樹生長季節附之以適量的化肥作為補充，進一步優化果園肥料種類，營造精品優質果園。
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